相较于传统的沉淀技术或者气浮技术，磁沉淀技术的优势主要在于沉降效率高、反应时间短、占地面积小、出水水质稳定、波动适应性强、自动化和集成化程度高、便于移动运输。

        磁沉淀技术的表面负荷可高达40m³/（㎡.h），目前工程应用中磁沉淀设计负荷普遍设计在（8-14）m³/（㎡.h），佛山能磁环境科技有限公司某工业废水工程项目设计的表面负荷达到20m³/（㎡.h）并得到长期的工程应用证明。常规的沉淀技术表面负荷一般在(0.5-3）m³/（㎡.h），气浮工艺则在(1.0-5）m³/（㎡.h），可以看出磁沉淀技术的沉降表面负荷具有明显的优势。

        磁沉淀反应系统的反应时间一般在6-10分钟，时间明显段，反应效率高；由于反应时间和沉降负荷高，所以整个磁沉淀系统占地面积明显缩小，佛山能磁环境科技有限公司某2万吨的磁沉淀系统，总占地面积为160㎡，约为同规模气浮工艺的1/3。

        磁沉淀系统由于采用了大回流工艺，因此系统的波动适应性显著提升，出水水质稳定。

        磁沉淀系统占地面积小，设备多，自动化和集成化程度显著高于常规沉淀或气浮工艺。